Lokalisasi Protein pada Perbedaan Permukaan dan Lapisan Mantel Spora Bacillus subtilis

Lokalisai Protein pada Perbedaan Permukaan dan Lapisan Mantel Spora Bacillus subtilis

Sporulasi  Bacillus subtilis dilakukan sebagai respon terhadap kondisi yang ekstrem seperti keterbatasan makanan, suhu yang panas, bahan kimia beracun, enzim litik dan faktor lain yang mampu merusak sel vegetatif. Perubahan yang terjadi dari posisi asimetris septum yang membagi sel menjadi sel induk yang lebih besar dan foraspora yang lebih kecil, selanjutnya selama fagositosis sel induk bermigrasi sekitar foraspora dan kompartemen ekspresi gen yang spesifik spora matang dan sel induk lisis. Perakitan mantel spora melibatkan pengendapan setidaknya 50 protein yang terbagi menjadi dua lapisan utama yaitu lapisan luar padat elektron disebut mantel luar dan lapisan kurang elektron padat berbentuk pipih yang disebut lapisan dalam. Tempat lokalisasi dan perakitan protein dalam sel dan subseluller penting bagi bakteri B. subtilis, namun posisi protein sebagian besar  belum diketahui karena penelitian secara eksperimental belum dilakukan. Lokalisasi protein pada permukaan dan lapisan mantel spora B. subtilis belum diketahui dengan pasti walaupun telah diketahui bahwa kontrol perakitan protein kedalam mantel dilakukan oleh Cote.

Tujuan penelitian ini adalah mengembangkan metode untuk mengetahui posisi protein dalam lapisan mantel spora dengan menggunakan analisis mikroskop fluoressensi mantel protein fluorescen protein fusi, dengan resolusi yang memungkinkan sehingga dapat dibedakan antara protein mantel luar dan mantel dalam.

Bahan dan metode yang digunakan meliputi isolat Bacillus subtilis yang dikultur dalam Luria Bertani Menengah media dan untuk sporulasi pada media Schaeffer’s dengan  suhu 37 °C dan diinkubasi  selama 24 jam.  Plasmid DNA  untuk transformasi B. subtilis dipanen dari strain Escherichia coli JM109.  galur diverifikasi  dengan  PCR. Pengamatan Relatif lokalisasi pola protein mantel spora. B. subtilis dengan menggunakan mikroskop fluoresensi. Pengamatan pada fluorescent protein merah sekering   (RFP) ke termini C CgeA, Cota, dan CotB,  diamplifikasi menggunakan DNA genom dari B. subtilis 168. Untuk hijau sekering fluorescent protein (GFP) ke C termini dari CotB, CotC, CotD, CotF, CotZ, GerQ, yaah, YmaG, YsnD, dan YtxO,  segmen dari setiap gen yang sesuai adalah PCR diperkuat dengan menggunakan genom DNA dari B. subtilis 168 semua  fusi yang digunakan dalam penelitian ini memiliki tag-histidin enam pada akhir-terminal C. Untuk menentukan lokasi absolut dari protein dalam mantel spora, menggunakan pengamatan puncak negatif dari fase-kontras intensitas pada batas antara bagian dalam dan bagian luar spora.

Hasil pengamatan lokalisasi protein menunjukan bahwa protein  CgeA ada terdapat di lapisan terluar, diikuti   Cota dan CotB terletak pada permukaan luar spora dan YeeK terletak di dalam mantel spora. Adapun lokalisasi dari CotZ dan CgeA terdapat pada lapisan terluar dari lapisan spora. Hasil pemeriksaan  menunjukkan bahwa CotB, CotC, YtxO, dan Cota berada di luar mantel spora,  dalam penelitian  ini, pengukuran diameter dari mantel protein fluoressen lapisan spora dapat mencapai resolusi yang cukup sehingga dapat membedakan  membedakan lapisan dalam dan luar mantel spora. Lokalisasi protein pada perbedaan permukaan dan lapisan mantel spora Bacillus subtilis menunjukkan bahwa distribusinya tidak merata, ada yang di proximal, distal, tengah dan ujung.  Setidaknya ada lima protein yaitu CgeA, Cota, CotB, CotC dan CotZ struktur proteinnya  berlapis-lapis tetapi distribusi spasial tidak merata yaitu lokalisasinya  CgeA berada proximal , Cota distal, CotB midle, CotC dan CotZ kutub.

26 thoughts on “Lokalisasi Protein pada Perbedaan Permukaan dan Lapisan Mantel Spora Bacillus subtilis

  1. Saya minta widget “Komentar Terakhir” ditampilkan di sidebar blog ya

    A. APPROVE COMMENTS

    1. Log in ke edublogs Anda
    2. Atau, jika Anda sudah log in dan halaman depan blog sudah Anda buka, silakan klik Admin Situs
    3. Setelah Anda masuk halaman Dashboard, silakan klik Comments
    4. Kemudian klik Scroll bar (tanda panah menghadap ke bawah) di sebelah tulisan Bulk Actions, pilih Setuju jika Anda ingin menampilkan Comment (komentar) di blog dan bisa dilihat oleh pengunjung blog Anda.
    5. Klik Apply, maka komentar akan muncul di sidebar blog, jika Widget “Komentar Terakhir” sudah Anda tampilkan.

    B. Menampilkan Widget “Komentar Terakhir”

    Widget “Komentar Terakhir” dapat ditampilkan dengan cara sebagai berikut:

    1. Log in ke Edublog
    2. Klik Appearance
    3. Klik Widget
    4. Drag (klik kiri ditahan sambil memindahkan) Widget “Komentar Terakhir” ke kolom Sisi
    5. Setelah widget “Komentar Terakhir” berpindah, klk scroll bar di sebelah kanan
    6. Anda bisa mengganti tulisan Komentar Terakhir dengan kata yang lain
    7. Di bawah tulisan “Jumlah komentar yang ditunjukkan” tulis 15
    8. Klik “Simpan”

  2. pak mau tanya ya……
    yang melatarbelakangi penelitian lokalisasi protein pada mantel spora B. subsitis itu apa pak?
    ditunggu jawabannya ya…makasih

  3. pak mau tanya ya……
    yang melatarbelakangi penelitian lokalisasi protein pada mantel spora B. subtilis itu apa pak?
    ditunggu jawabannya ya…makasih

  4. pak ikhsan tanya nggih….

    bagaimanakah morfologi dan hasil uji biokimia bakteri Bacillus subtilis??

    terimaksih

  5. Mas ini ada sesuatu yang mesti di jawab,..Apa yang dimaksud dengansporulasi dan mengapa Basilus subtilis melakukannya?

  6. Pak,,,mohon jelasin yaa??tentang:
    singkatan dari apa PCR dan bagaimana galur di ferifikasi dengan PCR?,,,,

  7. pa ikhsan saya ikutan bertanya yah … bagaimanakah prosedur penggunaan mikroskop fluoresent ?

  8. pak..bisa disebutkan protein apa saja yang ditemukan pada mantel spora B. subtilis? thx

  9. Pak ini pertanyaan sudah aku kirimkan sebelum edublog kemarin lumpuh total,aku ulangi lagi…ya. Apa yang dimaksud dengan plasmid

  10. Mba Ekowati ini jawabannya :
    Tujuan penelitian ini adalah mengembangkan metode untuk mengetahui posisi protein dalam lapisan mantel spora dengan menggunakan analisis mikroskop fluoressensi mantel protein fluorescen protein fusi, dengan resolusi yang memungkinkan sehingga dapat dibedakan antara protein mantel luar dan mantel dalam.

  11. Mba Deriainderiaty //
    Plasmid adalah DNA bakteri yang terpisah dari kromosom bakteri, dapat bereplikasi sendiri, mengandung berbagai gen, bentuknya sirkular, dan ukurannya jauh lebih kecil dari DNA kromosomnya

  12. Mba Untari sri hariani //
    Protein yang ditemukan pada mantel spora B. subtilis Setidaknya ada lima protein yaitu CgeA, Cota, CotB, CotC dan CotZ struktur proteinnya berlapis-lapis tetapi distribusi spasial tidak merata yaitu lokalisasinya CgeA berada proximal , Cota distal, CotB midle, CotC dan CotZ kutub.

  13. Mba Rury :coffeaarabica //
    Kultur bakteri adalah prosedur penanaman bakteri pada media pertumbuhan; yang terdiri dari isolasi bakteri ke media pertumbuhan kemudian di sub kultur. baru diperoleh kultur murni bakteri. Suspensi digoreskan pada mediapertumbuhan untuk isolasi awal kemudian dilakukan subkultur untuk memperoleh kultur bakteri murni yang dapat diidentifikasi dan digunakan untuk inokulasi .Terdapat 3 metode dalam pemeliharaan kultur, antara lain penyimpanan kultur dengan cara pengeringan; metabolisme terbatas; dan penyimpanan kultur dengan cara liofilisasi. Metode yang sering digunakan adalah pengeringan beku.

  14. Mas Adoel hakim //
    Genum adalah Genom (Ing. genome), dalam genetika, adalah keseluruhan bahan genetik yang membawa semua informasi pendukung kehidupan pada suatu makhluk hidup, baik yang merupakan gen atau bukan. Pada semua makhluk hidup, genom mencakup semua informasi genetik yang dibawa DNA, baik di inti sel (nukleus), mitokondria, maupun plastida. Virus tertentu memiliki genom dalam bentuk RNA. Istilah ini diperkenalkan oleh Hans Winkler, seorang profesor dari Universitas Hamburg, Jerman pada tahun 1920, sebagai singkatan (portmanteau) dari gene dan chromosome. Kajian yang mempelajari bahan genetik secara keseluruhan ini dikenal sebagai genomika (genomics).
    Setiap spesies makhluk hidup memiliki paket genom yang berbeda-beda, yang menjelaskan mengapa perkawinan silang antara dua spesies sering menghasilkan keturunan yang mandul

  15. Mas Ihda syifai //
    Cara membedakan protein mantel spora bagian dalam dan bagian luar menggunakan pengamatan puncak negatif dari fase-kontras intensitas pada batas antara bagian dalam dan bagian luar spora bakteri B. subtilis pada mikroskop fluoresent.

  16. Mas ilhamadhya

    Prosedur penggunaan mikroskop fluoresent tidak berbeda dengan mikroskop cahaya yang biasa dipakai, yaitu nyalakan stop kontak pada mikroskop, taruh preparat pada objek gelas lalu amati dibawah mikroskop, Mikroskop ini digunakan untuk memeriksa specimen yang telah diwarnai dengan zat-zat pewarna fluorokrom, sehingga memungkinkan identifikasi mikroorganisme denagn cepat. Zat-zat pewarna ini menyerap energi gelombang cahaya pendek tak kasat mata sambil memancarkan gelombang panjang gelombang kasat mata yang lebih besar. Bahan seperti itu disebut fluoresen, sehingga fenomena ini disebut fluoresensi (pendar fluor).

  17. sriyuniartiningsih //

    yang melatarbelakangi penelitian lokalisasi protein pada mantel spora B. subtilis adalah bahwa perakitan mantel spora melibatkan pengendapan setidaknya 50 protein yang terbagi menjadi dua lapisan utama yaitu lapisan luar padat elektron disebut mantel luar dan lapisan kurang elektron padat berbentuk pipih yang disebut lapisan dalam. Tempat lokalisasi dan perakitan protein dalam sel dan subseluller penting bagi bakteri B. subtilis, namun posisi protein sebagian besar belum diketahui karena penelitian secara eksperimental belum dilakukan. Lokalisasi protein pada permukaan dan lapisan mantel spora B. subtilis belum diketahui dengan pasti walaupun telah diketahui bahwa kontrol perakitan protein kedalam mantel dilakukan oleh Cote.

  18. Yayan Hendrayana

    Sporulasi adalah proses pembentukan spora dan Basilus subtilis melakukan Sporulasi sebagai respon terhadap kondisi yang ekstrem seperti keterbatasan makanan, suhu yang panas, bahan kimia beracun, enzim litik dan faktor lain yang mampu merusak sel vegetatif.

  19. Mba Dwi2astin //

    PCR singkatan dari Polymerase Chain Reaction , merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk mengamplifikasi nukleotida secara in vitro. Metoda PCR dapat meningkatkan jumlah urutan DNA ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah semula, sekitar 106-107 kali. Setiap urutan basa nukleotida yang diamplifikasi akan menjadi dua kali jumlahnya. Pada setiap n siklus PCR akan diperoleh 2n kali banyaknya DNA target. Kunci utama pengembangan PCR adalah menemukan bagaimana cara amplifikasi hanya pada urutan DNA target dan meminimalkan amplifikasi urutan non-target.
    Penggunaan PCR telah berkembang secara cepat seirama dengan perkembangan biologi molekuler. PCR digunakan untuk identifikasi penyakit genetik, infeksi oleh virus, diagnosis dini penyakit seperti AIDS, Genetic profiling in forensic, legal and bio-diversity applications, biologi evolusi, Site-directed mutagenesis of genes dan mRNA Quantitation di sel ataupun jaringan.

  20. Mba Yayuksugiyarti

    Cara gen diamplifikasi dengan DNA genom melalui PCR, yaitu proses perbanyakan DNA secara in vitro melalui beberapa tahap, yaitu denaturasi, penempelan primer, dan pemanjangan. Prinsip kerja nested PCR tidak jauh berbeda dengan PCR biasa, namun nested PCR akan bekerja menggunakan dua pasang primer untuk mengamplifikasi fragmen DNA spesifik melalui dua proses PCR secara terpisah Pertama-tama DNA mengalami denaturasi lalu memasuki fase penempelan, di mana sepasang primer pertama melekat di kedua utas tunggal DNA dan mengamplifikasi DNA di antara kedua primer tersebut dan terbentuklah produk PCR pertama. Kemudian produk PCR pertama tersebut dijalankan pada proses PCR kedua di mana pasangan primer kedua (nested primer) akan mengenali sekuen DNA spesifik yang berada di dalam fragmen produk PCR pertama dan memulai amplifikasi bagian di antara kedua primer tersebut. Hasilnya adalah sekuens DNA yang lebih pendek daripada sekuens DNA hasil PCR pertama.

  21. Mba Rosiana

    Morfologi Bacillus sibtilis yaitu bakteri berbentuknya batang, gram positif dengan koloni ketinggian: tepi umbonate; seluruh dengan berombak charectaristics internal: warna kasar: offwhite krim. Koloni yang besar, tidak teratur dan datar dengan marjin berombak-ombak mikroba ini membentuk batang gram-positif.Endospora dapat terlihat dalam budaya yang lebih tua sebagai daerah yang jelas di dalam sel. budaya yang lebih tua mungkin noda merah muda, karena kerusakan dinding sel. dan hasil uji biokimia bakteri Bacillus subtilis diantaranya pembentukan gelembung atau Katalase positif, produksi indol negatif, tidak dapat memfermentasi glukosa.tidak dapat memfermentasi laktosa.hidrolisa pati positif (dihidrolisis oleh amilase ekstraseluler),dapat mereduksi nitrat menjadi nitrit, dan dapat bergerak.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *